RHIZO Tron, image analysis system to analyze minirhizotron images or manually measure scanned roots

À propos de WinRHIZO Tron & Tron MF

WinRHIZO Tron est un logiciel de mesures manuelles de racines qui vous permet d'analyser les images produites par les systèmes de caméras vidéo souterraines minirhizotron ou d'autres sources qui n'offrent pas de bons contrastes entre les racines et leur arrière-plan (pour les images avec de bons contrastes ou des analyses automatiques, consultez notre famille de produits WinRHIZO Basic, Reg, Pro et Arabidopsis). La principale différence entre les versions Reg et MF sont:

WinRHIZO TRONanalyse une image à la fois;
WinRHIZO TRON MF analyse plusieurs images simultanément (MF=Multiple Frames).

La version Basic est une alternative à faible coût avec des fonctionnalités limitées.

Mesures

WinRHIZO Tron calcule les mesures morphologiques des racines tracées. Ces mesures sont calculées pour chaque racine et segment de racine. Les valeurs totales pour toutes les racines sont également disponibles. Ces mesures sont résumées à l'écran et des données détaillées sont disponibles dans des fichiers de données.

Vous pouvez choisir quelles informations sont affichées et comment elles sont présentées (contenu, taille du texte et couleur). Chaque image analysée a son nom écrit dans le coin supérieur gauche, au-dessus de l'image. Vous pouvez également sélectionner les informations morphologiques affichées dans la zone de commande (tel qu’illustré ci-dessous).

Mesures	Basic	Reg	MF	Description
Morphologie globale (totale et moyenne) des racines	√	√	√	Données morphologiques pour la région analysée. Longueur, diamètre moyen, surface projetée, surface, volume et nombre de pointes.
Morphologie individuelle des racines	√	√	√	Données morphologiques pour chaque racine et leurs segments (liens). Longueur, diamètre moyen, surface projetée, surface, volume, angle de ramification et nombre de pointes.
Observations de l'opérateur	√	√	√	N'affecte pas les mesures, sont là à des fins de notation.
Morphologie des racines par classes de diamètre		√	√	Longueur, diamètre moyen, surface projetée, surface, volume et nombre de pointes.
Topologie, ampleur, longueur du chemin, altitude, longueur du chemin externe et analyses de développement		√	√	Connectivité des segments racines par ordre de croissance (principal, latéraux…), classification topologique (EE, EI, II…) et plus encore.
Morphologie de l'axe (longueur, surface, surface projetée et volume)		√	√	Un axe est une série de liens racines connectés du même ordre.
Morphologie des racines en fonction de la profondeur du sol		√	√	Prend en considération l'angle du tube du rhizotron, son diamètre et les écarts entre les positions de la caméra).

Caractéristiques des deux versions

Caractéristiques de toutes les versions

Pour mesurer les racines avec WinRHIZO Tron, vous devez les tracer manuellement sur l’image avec la souris. Au fur et à mesure que vous les tracez pour indiquer leur présence, WinRHIZO Tronles mesure et affiche à l'écran les informations morphologiques complètes. Les segments racine et les nœuds peuvent être modifiés (déplacés, redimensionnés, supprimés ou ajoutés) en cliquant sur la souris ou en appuyant sur les touches du clavier. Au fur et à mesure que vous modifiez les racines, les mesures morphologiques et les données des fichiers sont automatiquement mises à jour.

Sauf pour la version Basic, la distribution de la longueur, de la surface, du volume ou du nombre de bouts de racines est affichée en fonction du diamètre dans un graphique au-dessus de l'image. Les classes de couleurs sont les mêmes que celles utilisées pour dessiner les racines dans l'image. WinRHIZO Tron mesure la distribution réelle du diamètre des racines plutôt que le diamètre moyen certains autres logiciels font. I.e., si un segment de racine englobe trois classes de diamètre, la longueur de la racine est répartie entre ces trois classes plutôt que seulement dans la classe moyenne.

Une racine analysée est composée de segments délimités par des noeuds (les noeuds correspondant aux positions cliquées).

Vous pouvez tracer les racines avec un crayon si vous préférez (Tablette Windows ou ordinateur portable hybride requis).

Caractéristiques	Basic	Reg	MF	Description
Logiciel XLRhizo Tron	√	√	√	Pour les données produites par WinRHIZO Tron, visualisation et analyse dans Excel (comparer et afficher la croissance des racines…).
Régions analysées rectangulaires	√	√	√	Choisissez les régions de l'image à analyser (forme rectangulaire).
Espaces (style rectangulaire et libre)	√	√	√	Choisissez les régions de l'image à exclure de l'analyse (formes rectangulaires et de style libre).
Exportez les coordonnées et les données des racines tracées vers des fichiers texte de manière interactive et par lots (nouveau en 2025)	√	√	√	Celles-ci peuvent ensuite être utilisées par d'autres programmes pour recréer les racines tracées (par exemple pour la détection automatisée des racines basée sur l'IA).
Exporter l’image des racines tracées	√	√	√	Une image sans fond et uniquement les lignes tracées (à importer dans d'autres programmes).
Peut déplacer la position d'une ou de toutes les racines d'une région analysée	√	√	√	Pour compenser le désalignement de la caméra au cours des di!érentes sessions.
Mesures visibles sur les images	√	√	√	Les lignes indiquent où et comment les racines ont été mesurées.
La couleur des racines sur l'image est liée au diamètre ou au statut de vie	√	√	√
La couleur des racines sur l'image est liée à la topologie ou à l'ordre de développement		√	√
Histogramme de distribution des racines		√	√	Afficher les données morphologiques des racines (longueur, surface, volume…) en fonction du diamètre.
Lacunes de profondeur		√	√	Choisissez les régions de l'image à exclure de l'analyse en fonction de la profondeur (rectangulaire).
Réanalyse ou traitement par lots		√	√	Réanalyser, faire pivoter ou exporter des images par lots sans supervision d'un opérateur.
Documents multiples (fenêtre de travail)		√	√	Analysez jusqu'à 16 échantillons simultanément dans di!érentes fenêtres principales de WinRHIZO Tron. Chaque fenêtre peut charger une image (Reg) ou plusieurs images (Pro)
Enregistrer la région de l'image		√	√	Exporter vers un fichier tif ou jpg une zone rectangulaire de l'image.
Copiez les racines tracées d'une image à une autre		√	√	Réalisé en 3 étapes. Copiez les racines de l'image affichée, chargez l'image suivante et collez les racines.
Acquérir des images à partir de scanners			√	Le scanner doit disposer d'un pilote TWAIN, sinon il ne peut analyser que les images stockées dans des fichiers jpg, tif, bmp et png.
Peut charger plusieurs images (Multiple Frames - MF) ou images simultanément			√	Affiche côte à côte di!érentes sessions racine (variations temporelles) et les unes au dessus des autres des images prises à di!érentes profondeurs racine (emplacements).
Peut charger toutes les images d'un ou plusieurs tubes rhizotron			√	Affiche côte à côte di!érents tubes et les uns au-dessus des autres images prises à di!érentes profondeurs de racines (emplacements).
Copiez les racines tracées d'une ou plusieurs images d'une session (heure) vers une autre session			√	Réalisé en 2 étapes. Copiez les racines d'une image affichée et collez les racines dans une autre image affichée.
Mettre en évidence la croissance des racines entre deux séances			√	Affiche di!éremment les racines qui ont été ajoutées entre les sessions.

	Analyse d'Images pour la Science des Plantes

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