RHIZO Tron, image analysis system to analyze minirhizotron images or manually measure scanned roots

À propos de WinRHIZO Tron & Tron MF

WinRHIZO Tron & Tron MF sont des logiciels de mesures manuelles de racines qui vous permettent d'analyser les images produites par les systèmes de caméras vidéo souterraines minirhizotron ou d'autres sources qui n'offrent pas de bons contrastes entre les racines et leur arrière-plan (pour les images avec de bons contrastes ou des analyses automatiques, consultez notre famille de produits WinRHIZO Basic, Reg, Pro et Arabidopsis). La principale différence entre les deux versions de WinRHIZO Tron sont:

WinRHIZO TRONanalyse une image à la fois;
WinRHIZO TRON MF analyse plusieurs images simultanément (MF=Multiple Frames).

Mesures

WinRHIZO Troncalcule les mesures morphologiques des racines tracées. Ces mesures sont calculées pour chaque racine et segment de racine. Les valeurs totales pour toutes les racines sont également disponibles. Ces mesures sont résumées à l'écran et des données détaillées sont disponibles dans des fichiers de données.

Vous pouvez choisir quelles informations sont affichées et comment elles sont présentées (contenu, taille du texte et couleur). Chaque image analysée a son nom écrit dans le coin supérieur gauche, au-dessus de l'image. Vous pouvez également sélectionner les informations morphologiques affichées dans la zone de commande (tel qu’illustré ci-dessous).

Mesures

La répartition des mesures morphologiques racinaires (longueur, surface, volume) en fonction du diamètre racinaire est visible sur le graphique au-dessus de l'image

La zone de commande

Mesures totales de la racine (pour toute l'image).
(Longueur de la racine, surface, surface projetée, volume, diamètre moyen et nombre de bouts).

Informations sur l'image automatiquement extraites du nom du fichier à l'aide du schéma de nom ICAP (expérience, tube, emplacement, session, date, heure et collecteur de données)

Nom de la racine active (Ex : R1) et ses données de mesures (longueur, surface...).

Numéro du segment actif et ses données de mesures (longueur, surface).

Reg

Mesures morphologiques

Longueur de la racine

Surface projetée

Surface

Volume

Nombre de bouts par classe de diamètre

Analyse topologique

Classement des liens topologiques en cinq catégories:
EE (Externe-Externe)
EI(Externe-Interne)
II (Interne-Interne)
IL (Isolated Link / Liens isolés)
BL (Base Link / Liens de base)

Angle d'embranchement (angle entre une direction de lien descendant et la direction du lien dont il est issu)

Magnitude du lien (nombre de liens externes [avec un bout] s'étendant à partir d'un lien

Longueur du chemin du lien (nombre de liens entre un lien et le lien de base)

Lien d'ordre développemental (ordre primaire, secondaire, tertiaire...)

Altitude du système racinaire (longueur du trajet le plus large)

Longueur du chemin externe du système racine (somme des longueurs de chemin des liens externes (bout)

Morphologie des axes (longueur, aire, volume des liens connectés du même ordre)

Peut ignorer les zones vides (régions de l'image qui apparaissent dans deux images consécutives). Le nom du fichier d'images doit être conforme au schéma de nom ICAP

Charge et affiche simultanément plusieurs images acquises à des moments différents et/ou à des emplacements voisins (schéma de nom ICAP)

Coupe et colle une, certaines ou toutes les racines mesurées d'une image voisine à une autre

Caractéristiques des deux versions

Pour mesurer les racines avec WinRHIZO Tron, vous devez les tracer manuellement sur l’image avec la souris. Au fur et à mesure que vous les tracez pour indiquer leur présence, WinRHIZO Tronles mesure et affiche à l'écran les informations morphologiques complètes. Les segments racine et les nœuds peuvent être modifiés (déplacés, redimensionnés, supprimés ou ajoutés) en cliquant sur la souris ou en appuyant sur les touches du clavier. Au fur et à mesure que vous modifiez les racines, les mesures morphologiques et les données des fichiers sont automatiquement mises à jour.

La distribution de la longueur, de la surface, du volume ou du nombre de bouts de racines est affichée en fonction du diamètre dans un graphique au-dessus de l'image. Les classes de couleurs sont les mêmes que celles utilisées pour dessiner les racines dans l'image. WinRHIZO Tronmesure la distribution réelle du diamètre des racines plutôt que le diamètre moyen certains autres logiciels font. Si, par exemple, un segment de racine englobe trois classes de diamètre, la longueur de la racine est répartie entre ces trois classes plutôt que seulement dans la classe moyenne.

Vous pouvez tracer les racines avec un crayon si vous préférez (Tablette Windows ou ordinateur portable hybride requis).

Une racine analysée est composée de segments délimités par des nœuds (les nœuds correspondant aux positions cliquées).

Caractéristiques
	Reg	MF
La couleur de la racine peut être fonction de:
Diamètre des segments
Statut vivant (vivant, mort, disparu)
Ordre de développement des racines
Topologie des liens
Le diamètre de la racine peut être affiché avec
Cercles aux nœuds
Lignes latérales le long du bord racine
Sans aucun affichage
Des fonctionnalités qui produisent votre travail plus efficace
Vous pouvez récupérer une analyse précédente pour la superposer sur une nouvelle image
La dénomination des racines et des segments peut être effectuée manuellement ou automatiquement
Lorsque vous chargez une image qui a le schéma de nom ICAP, WinRHIZO Tronextrait automatiquement les paramètres qui seront utilisés pour identifier l'échantillon (n° de tube, n° d'emplacement, date...) à partir du nom de fichier. Le système de NOM ICAP est utilisé, entre autres, par les systèmes d'acquisition d'images Bartz Technology Minirhizotron.
La sauvegarde des données se fait automatiquement au fur et à mesure que les racines sont tracées ou modifiées (pas besoin d'activer une commande).
Autres caractéristiques
Vous pouvez faire défiler, zoomer et dézoomer les images
Analyse de petites et très grandes images
Analyse les images des caméras ou des scanners
Peut annuler une commande "supprimer"
Schéma de nom automatique ICAP. Le numéro d'emplacement est automatiquement incrémenté après chaque acquisition d'image
Les paramètres sont enregistrés dans un fichier de configuration pour des utilisations futures
Vous pouvez déplacer la position d'une seule racine ou de toutes les racines à l'intérieur d'une région analysée (utile pour aligner une analyse précédente sur une nouvelle image)
Les images originales ne sont jamais modifiées. L'analyse s'affiche au dessus.
Vous pouvez modifier les couleurs utilisées pour afficher les informations.
You can add notes (comments, observations) to images or roots.
Can rotate images
Affiche la croissance des racines (met en évidence les différences en fonction du temps)

	La couleur de la racine peut être une fonction de:


	Le diamètre de la racine peut être indiqué par des cercles comme ci-dessus ou:


	Vous pouvez faire défiler et zoomer certaines parties d'une image ou effectuer un zoom arrière pour afficher des zones plus grandes ou plus de cadres (images).

WinRHIZO Tron est livré avec un manuel imprimé et pdf en couleur avec de nombreuses illustrations.

WinRHIZO Tron est mis à jour régulièrement.

	Analyse d'Images pour la Science des Plantes

Regent Instruments Inc.	depuis 1991