WinFOLIA is for Leaf Analysis
Analyse d'Images pour la Science des Plantes
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Regent Instruments Inc. depuis 1991

 

 

WinFOLIA


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Le Logiciel WinFOLIA est disponible en trois versions: Basic, Reg & Pro

WinFOLIA Basic est notre solution d'entrée de gamme à faible coût pour l'analyse des feuilles. Cette version imite la fonctionnalité des appareils de mesure de surface foliaire portables. Il mesure la surface des feuilles, la longueur et la largeur de manière simple comme avec ces appareils (dans les directions horizontales et verticales), le périmètre, la surface des trous et quelques autres mesures (voir tableau ci-dessous).

WinFOLIA Reg reprend toutes les mesures de la version Basic plus quelques mesures morphologiques spécifiques aux feuilles. Par exemple, il peut différencier le limbe du pétiole afin que vous puissiez choisir d'inclure ou non le pétiole dans les mesures de surface, de longueur et de périmètre. Il peut mesurer la largeur de différentes manières et les angles de lobe et d'apex. Cette version a également plus de fonctionnalités, comme la possibilité d'ajouter des observations, de faire des mesures interactives définies par l'utilisateur et quelques autrese.


WinFOLIA Proa toutes les mesures de la version Reg plus quelques mesures morphologiques étendues (telles que Fractales, enveloppe - coque convexe, dents...). Cette version offre également l’analyse couleurs qui peut être utilisée pour quantifier les maladies, la nécrose et les dommages causés par les insectes.

Mesures par version du logiciel WinFOLIA

Les versions Reg et Pro peuvent mesurer la surface et lalongueur du limbe et du pétiole séparément ou ensemble (dans son ensemble).

Toutes les versions peuvent produire une surface foliairetotale et moyenne (pour toutes les feuilles de l'image) ainsi que des surfaces individuelles (par feuille).

Toutes les versions peuvent mesurer le périmètre (limbe+pétiole) mais seules les versions Reg et Pro peuvent mesurer le périmètre du limbe sans le pétiole.

La Longueur et Largeur Maximale de la feuille ou du limbe peuvent être mesurés de différentes manières. La méthode la plus simple est disponible dans toutes les versions. La longueur de la feuille est mesurée en fonction de la plus grande distance entre les points les plus hauts et les plus bas appartenant à la feuille dans la direction verticale (sur la même ligne verticale) et la largeur est la distance entre les points les plus à gauche et à droite dans la direction horizontale (sur la même ligne horizontale).

La Longueur et Largeurpeuvent également être mesurées par la taille verticale et horizontale de la boîte englobant la feuille (distance entre les points de délimitation les plus à gauche et les plus à droite de la feuille), mais contrairement à la méthode ci-dessus, ceux-ci ne doivent pas nécessairement être sur la même ligne. La Largeur moyenne est la moyenne de toutes les largeurs mesurées le long de la feuille.

Avec les versions Reg et Pro, la
Longueur peut être mesurée par la distance entre l'apex et la jonction pétiole-limbe (toute orientation) et la Largeurcomme la plus grande largeur perpendiculaire à la longueur du limbe. Ces versions peuvent également mesurer la largeur à deux positions différentes que vous spécifiez le long de la longueur du limbe.

Ces mesures sont expliquées dans les paragraphes environnants.

 

Rapport de forme est le rapport entre la largeur horizontale et la longueur verticale (parfois appelé facteur d'allongement).

Coefficient de forme est une valeur numérique qui classe la forme de la feuille entre circulaire (périmètre le plus court pour une zone donnée) et filiforme (périmètre le plus long pour une zone donnée).

Surfaces totales et individuelles des trous. Les trous complètement à l'intérieur du limbe (enfermés par celui-ci) sont automatiquement mesurés. Ceux sur le bord doivent être fermés manuellement avec l'édition d'image (comme illustré ci-dessous). Vous pouvez remplir le trou avec une couleur différente ou fermer la limite du bord du limbe.

Angle des lobes du limbe et apex peuvent être mesurés par les versions Reg et Pro à deux positions différentes sur la longueur du limbe.

Longueurs interactives
définissbles par l'utilisater et les anglespermettent de définir des mesures personnalisées (ce que WinFOLIA ne peut pas faire automatiquement). Par exemple pour mesurer l'angle des veines.

L'envelope est la longueur d'une ligne qui va de dent en dent sur leur sommet. La surface couverte par l'enveloppe peut être mesurée par WinFOLIA Pro.

Hauteur, largeur et nombre de dents.

Les fractales sont un moyen de quantifier la complexité de la forme d'une feuille.
Dent
(
jaune)

Enveloppe
(
magenta)
WinFOLIA Pro peut quantifier la surface par couleur, mesurer sa dominante et classer les feuilles en fonction de celle-ci ou d'autres critères (il peut classer une feuille comme malade si le groupe de couleur malade a la plus grande surface ou est supérieur à un pourcentage donné). La classification de la couleur des feuilles peut être vue à l'écran. Les couleurs d'intérêt sont spécifiées à WinFOLIAsimplement en cliquant sur l'image. Les classes peuvent être regroupées afin de mesurer les zones avec plus d'une couleur (par exemple, la zone malade peut contenir du marron et du jaune). La classification est effectuée par analyse des couleurs réelles dans un espace couleur 24 ou 48 bits, sans utiliser un simple seuil de couleur comme dans certains autres programmes d'analyse de feuilles.

 

Fonctionnalités par version du logiciel WinFOLIA
Edition d'images permet de modifier le contenu de l'image pour supprimer les artefacts, les débris ou, comme illustré ci-dessous, pour combler les trous. Vous pouvez choisir la couleur à éditer en sélectionnant une présente dans l'image ou définir la vôtre.
Dans cet exemple, un rebord de feuille endommagée est fermé avec l'édition d'image à l'aide de l'outil stylo afin que les trous sur son bord puissent être mesurés automatiquement par WinFOLIA. Dans cet exemple, une zone de feuille endommagée est remplie en brun à l'aide de l'édition d'image avec l'outil pinceau (un lasso est également disponible). Dessiner une région de la même couleur que la feuille permet de l'inclure dans la zone de la feuille tandis que la dessiner d'une couleur différente permet de la mesurer dans les trous ou la zone d’arrière-plan.

 

   
 

•Une observation est un moyen d'ajouter des mesures non programmées dans WinFOLIA ou de signaler des irrégularités constatées lors de la mesure. Une observation simple pourrait être quelque chose choisi comme: Est endommagé.

•Bien que WinFOLIA soit optimisé pour les feuilles, il peut également analyser la surface et la forme d'autres objets tels que les disques foliaires. Pour des analyses de morphologie ou de couleur d'objets génériques (autres que des feuilles) voir notre logiciel WinCAM.

Filtrage des débris est disponible pour éviter que les petites particules sélectionnées comme des feuilles lors des analyses automatiques. Les objets qui correspondent aux critères de débris de l'utilisateur (basés sur la surface, la longueur, la largeur, le coefficient de forme et/ou la couleur...) peuvent être supprimés de l'analyse.

Acquisition en lot optimise la vitesse et minimise l'intervention de l'opérateur pendant le processus d'acquisition d'images. L'analyse en lots permet d'analyser des séries d'images sans la supervision d'un opérateur. Note: toutes les mesures ne peuvent pas être effectuées en lots.

•Pendant l'analyse, vous pouvez visualiser la répartition de la surface foliaire (couleur ou autres paramètres morphologiques) en classes que vous choisissez dans un graphique au-dessus de l'image.

 
 
 

•La Classification des pixels est la séparation des pixels de l'image (éléments d'image) dans les groupes de feuilles et d'arrière-plan (une condition préalable pour des mesures précises). Ce processus peut se faire automatiquement (avec validation de l'utilisateur selon différentes méthodes en fonction de la version de WinFOLIA ) oou manuellement. S'il y a des classifications erronées dans certaines zones de l'image, l'opérateur peut les remplacer de manière interactive en empêchant d’analyser cette zone (en la décrivant) et en modifiant les paramètres de classification.


•La possibilité d'analyser seulement une partie des images ajoute de la flexibilité. Cela permet de sélectionner des régions d'intérêt spécifiques à analyser et de s'assurer que seules les feuilles sont analysées (pas de débris, de texte, d'échelle ou d'objets autres que les feuilles). Toutes les versions peuvent faire des formes rectangulaires, mais les versions Reg et Pro ont en plus des formes circulaires et formes irrégulières faites avec l'outil lasso.

• De même, vous pouvez définir des régions à exclure de l'analyse (régions d'exclusion).

• Les régions analysées et d'exclusion peuvent être redimensionnées, déplacées et recréées (pour analyser la même région dans le temps ou sur différentes images).

 
   
     

Divers

Les données produites par WinFOLIA sont enregistrées dans des fichiers texte ASCII. Ils peuvent être facilement ouverts par des programmes statistiques ou des tableaux tels que Microsoft Excel. Les paramètres d'analyse sont enregistrés avec les données de mesure, ce qui est utile pour effectuer des vérifications ou un contrôle qualité sur les mesures. De plus, lorsqu'une image est enregistrée dans un fichier après avoir été analysée, l'analyse est également enregistrée et lorsque ce fichier est ouvert dans WinFOLIA, l'analyse est recréée.

WinFOLIA est livré avec des manuels imprimés (et pdf) en couleur et abondamment illustrés. Comme tous les produits de Regent Instruments, vous obtenez un support technique rapide et compétent par e-mail (les messages reçus généralement une réponse dans l'heure lorsqu'ils sont reçus pendant les heures de travail, heure de l'Est de l'Amérique). WinFOLIA est mis à jour régulièrement pour ajouter de nouvelles fonctionnalités ou pour le maintenir au même niveau que les nouveaux systèmes d'exploitation.

WinFOLIA a un programme compagnon appelé WinSEEDLE pour l'analyse des aiguilles et des graines de conifères. Les deux programmes peuvent partager le même matériel d'acquisition d'images (vous devez le spécifier au moment de l'achat). Un rabais est offert lorsque les deux produits sont achetés ensemble. WinFOLIA et WinSEEDLE font partie d'une famille de produits vendus par Regent Instruments pour la recherche et l'analyse en sciences végétales. Parmi les autres produits, vous trouverez WinRHIZO pour l'analyse des racines et WinDENDRO pour l'analyse des cernes de croissance. Consultez la section Produit de notre site Web pour plus d'informations.

 
XLFolia est un logiciel de classement et de visualisation des données produit par WinFOLIA. Il est constitué d'un ensemble de macros qui s'exécutent dans Excel (non inclus). Ceux-ci ajoutent un menu (nommé XLFolia) aux menus standard d'Excel. Ce dernier contient des commandes pour traiter les données de WinFOLIA et créer des graphiques très facilement. Les commandes standard d'Excel restent disponibles, vous permettant d'ajouter vos propres traitements et graphiques.