Région d'analyse

La première étape pour analyser un échantillon consiste à choisir la région à analyser. WinCELL peut analyser l'image entière ou des régions de n'importe quelle forme (premières et deuxièmes figures ci-dessous). Il peut y avoir pratiquement un nombre illimité de telles régions, qui peuvent se chevaucher ou non. Celles-ci peuvent inclure seulement quelques cellules (comme les vaisseaux d'un cerne), un cerne complet ou n'importe quelle région que vous souhaitez, comme l'image entière moins certains défauts ou écorces. Les régions peuvent être de formes rectangulaires, circulaires ou irrégulières. Leurs positions peuvent être enregistrées dans un fichier pour être recréées ultérieurement sur différentes images. Les régions peuvent être redimensionnées ou déplacées et l'analyse est mise à jour automatiquement.

Analyse des cernes

Un type spécial de région d'analyse est fourni pour analyser les cernes annuels. WinCELLpeut analyser les cellules par cerne annuel pour un ou plusieurs cernes par image et calculer des statistiques sur une base annuelle dans le format de données de WinDENDRO (compatible avec les logiciels d'analyse de tiges tels que XLSTEM) ou dans le propre format de WinCELL.

Le processus annuel d'analyse des cernes est semi-automatique. Les bordures des cernes sont d'abord identifiées (bordure tracée et année saisie), puis WinCELL ferme ces régions pour créer une région analysée par cerne. Ce dernier dispose de toutes les mesures usuelles des cellules bois (surface, longueur, largeur, position, périmètre, forme...) plus les données du cerne (surface, largeur) et peut être réalisé de manière interactive ou en lot (sans supervision de l'opérateur).

Les données disponibles par région d'analyse, image ou cerne annuel sont nombreuses et sélectionnables par l'utilisateur: largeur du cerne, surface du cerne, nombre de cellules, densité cellulaire, surface totale occupée par les cellules et les parois (en unités ou pourcentage de la surface du cerne), surface moyenne des cellules, longueur, largeur, périmètre, coefficient de forme et plus encore. Ces mesures sont expliquées ci-dessous.

La surface du lumen et des parois est mesurée automatiquement et est une véritable mesure de leur surface (basée sur le nombre de pixels contenus à l'intérieur), et non une estimation du diamètre de la cellule. Le lumen peut être séparé en types de cellules et de vaisseaux en fonction de leur surface et un troisième type de cellule, le parenchyme, est disponible sur une base de classification manuelle. Les cellules de différents types sont analysées séparément (vous obtenez des données globales et individuelles pour celles-ci). Vous pouvez également modifier la classification d'une cellule de manière interactive. Le lumen et la surface des parois sont disponibles sous forme de valeurs totales pour la région analysée (en unités de mesure et en pourcentage de surface). La zone de lumen est également disponible par cellule.

En plus de la surface des cellules et des parois, il peut également mesurer la surface du lumen et de la paroi en fonction de leur couleur, globalement pour la région analysée ou individuellement (par cellule).

La longueur et la largeur des trachéides sont disponibles sous forme de valeurs moyennes pour la région analysée et individuellement par cellule. La longueur et la largeur (ou diamètres radiaux et longitudinaux) peuvent être calculées par 4 méthodes différentes:

Maximale (horizontale et verticale)
La longueur est mesurée comme la distance horizontale entre les deux points de limite de cellule les plus éloignés de la même position verticale. La largeur est la distance verticale entre les points sur la même position horizontale.

Boîte de délimitation (horizontale et verticale)
La longueur et la largeur sont mesurées comme la taille horizontale et verticale du cadre rectangulaire qui englobe une cellule.

Centre (horizontal et vertical)
La longueur et la largeur sont mesurées comme la taille horizontale et verticale de la cellule dans sa position de centre de gravité.

Toute direction
La longueur est la distance entre les deux points de la limite de la cellule qui sont les plus éloignés et la largeur est mesurée perpendiculairement à cette longueur à la position où la mesure de la largeur est la plus grande. Les parois ne sont pas calculées avec cette méthode.

Il existe quatre types de mesures interactives. En mode manuel, aucune analyse d'image n'est effectuée. Il est fourni pour mesurer la longueur de n'importe quel objet simplement en cliquant sur ses extrémités. Il peut être utilisé pour mesurer la longueur d'une cellule ou, comme illustré à droite, la longueur des fibres. Les objets droits peuvent être mesurés avec deux clics de souris à leurs extrémités tandis que les objets courbes peuvent être mesurés avec des clics de souris supplémentaires aux points d'inflexion le long de leur courbure. Un autre mode manuel est fourni pour mesurer la longueur et la largeur d'un objet par paire (qui peut ensuite être utilisé pour estimer sa surface). Ce dernier peut être utilisé pour mesurer des cellules qui n'ont pas assez de contraste pour l'analyse automatique.

Deux modes de mesures semi-automatiques permettent de mesurer la longueur des cellules et l'épaisseur de leurs deux parois adjacentes (sur les côtés opposés du lumen). Avec une méthode, cela se fait dans la direction tracée tandis qu'avec l'autre, cela se fait dans la direction radiale. Ces deux modes de mesures semi-automatiques produisent également la longueur des rangées de cellules radiales (entre les limites des cernes annuels pour obtenir la largeur des cernes).